En 1994 es elegido Director del Departamento de Filología Semítica -cargo que desempeña hasta 1997-. También ejerce entre 1990 y 2004 de director y editor de la revista Anuari de Filologia: Secció d`Estudis Hebreus i Arameus, publicada por la Universidad de Barcelona.
En 1999 fallece su hermano Ramon. Cuatro años más tarde también lo haría otro hermano: Joan.
Paralelamente a sus clases, Josep Ribera-Florit nunca deja de cultivar la investigación filológica, lingüística y literaria, ni tampoco la traducción directa del hebreo y del arameo. Fruto de ese trabajo constante ven la luz numerosas publicaciones en forma de libros, artículos, conferencias, ponencias de congresos…, y es invitado a participar en simposios nacionales e internacionales y a colaborar en diversas misceláneas y publicaciones colectivas. Destacan, igualmente, sus participaciones en el equipo internacional que fomenta la literatura targúmica -la colección editada por Paul V. M. Flesher, Studies in the Aramaic Interpretation of Scripture, y las editoriales Board y Brill-, en el consejo consultivo de Sefarad y de Miscelánea de estudios árabes y hebreos, en la revista Aula Orientalis, en la compilación del Corpus Biblicum Catalaunicum, en los proyectos Edición de textos Bíblicos y Parabíblicos, en la prestigiosa enciclopedia alemana Theologie und Kirche y en la famosa Encyclopedia of Midrash. Asimismo, se suma a la fundación de diversas sociedades científicas, entre las cuales sobresalen la Societat Catalana d’Estudis Hebraics, la Associació d’Estudiosos del Judaisme Català -que se disolvería al fundarse la SCEHB, su sucesora-, la Associació Bíblica de Catalunya y la International Organization for Targumic Studies.